В настоящее время в состав Республиканского клинического онкологического диспансера входят следующие подразделения: отделение паллиативной медицинской помощи, отделение противоопухолевой лекарственной терапии, отделение радиотерапии, хирургическое отделение абдоминальной онкологии, хирургическое отделение онкогинекологии, хирургическое отделение онкоурологии, хирургическое отделение опухолей головы и шеи, хирургическое отделение опухолей молочной железы, хирургическое отделение торакальной онкологии.