Территориальный центр выполняет функцию штаба службы медицины катастроф области, осуществляет планирование медико-санитарного обеспечения населения при чрезвычайных ситуациях, оперативно-тактическое руководство и координацию деятельности при подготовке и ликвидации медико-санитарных последствий чрезвычайных ситуаций.
Для обеспечения мероприятий, проводимых службой медицины катастроф области по ликвидации медико-санитарных последствий чрезвычайных ситуаций, на базе Территориального центра создан резерв материальных медицинских ресурсов Министерства здравоохранения Пензенской области.