Основная задача ПОМЦ – оказание медицинской помощи лицам с вредными и особо опасными условиями труда (в том числе при проведении водолазных и кессонных работ), работникам водного транспорта, атомной и космической промышленности, государственным гражданским служащим. Численность прикрепленного контингента составляет 21 135 человек. Филиалы ПОМЦ работают в рамках территориальных программ обязательного медицинского страхования. Они расположены на основных водных магистралях и максимально приближены к местам дислокации баз флота, гидротехническим объектам, что наряду с использованием корпоративной компьютерной сети и телемедицинских технологий позволяет организовать эффективное оказание лечебно-диагностической, консультативной помощи на местах и обеспечивает своевременную госпитализацию больных.