В 1867г. в первой земской больнице была выделена специальная инфекционная палата для больных тифом, туберкулезом, трахомой. Через 10 лет для инфекционной больницы построили специальные бараки. Сначала она была самостоятельным учреждением, но вскоре ее перевели в статус отделения земской больницы. В 1977 г. инфекционное отделение вновь стало самостоятельной больницей. Инфекционная больница имеет взрослое и детское отделения, отделение реанимации, оборудованное современной аппаратурой, имеется своя микробиологическая лаборатория. Сарапульская инфекционная больница – единственная в Удмуртии – снабжена индивидуальными боксами для размещения больных.