Наркологический диспансер Краснодара ведёт свою историю от городской наркологической больницы, которая была основана в 1980 году. Через шесть лет было произведено объединение краевого наркологического диспансера и наркологической больницы Краснодара. В 2000 года краснодарский наркодиспансер был переведен из муниципального в федеральное подчинение.
В настоящее время в наркодиспансере Краснодарского края имеются следующие подразделения: диспансерное отделение №1 (для взрослых пациентов), диспансерное отделение №2 (центр профилактики наркомании для несовершеннолетних). В стационаре имеются следующие отделения: приёмное, неотложной наркологической помощи, пять наркологических, восстановительного лечения, химико-токсикологическая лаборатория, кабинет освидетельствования на состояние опьянения.