Городская больница № 1 была создана в 1868 году. В отчёте Севастопольского градоначальника за 1868 год сказано, что Земская городская больница имеет 12 коек, штат её состоит из 1-го врача, 1-го фельдшера и 1-го смотрителя. За 150 лет своей истории, 1 городская больница из маленькой земской лечебницы, выросла до крупного медицинского многопрофильного центра, включающего в себя стационар на 796 коек, четыре поликлиники и амбулаторию семейной медицины.
Больница названа в честь великого русского хирурга Николая Ивановича Пирогова, трудившегося в Севастополе в героические годы первой обороны города.